Tujuan Program Studi Teknik Sipil adalah :
- Menghasilkan lulusan yang mampu melakukan perencanaan, pengawasan, dan pembangunan infrastruktur di Papua yang berwawasan lingkungan hingga tahun 2020;
- Menghasilkan lulusan yang bermoral dan menjunjung tinggi etika profesi dalam melaksanakan tugas dan pengabdian kepada masyarakat.
- Menghasilkan lulusan yang profesional, inovatif, kreatif, dan mampu bekerja sama dalam tim;
- Menghasilkan lulusan yang dapat terpakai dalam tim penyiapan pembangunan Infrastruktur penunjang PON XX tahun 2020, misalnya pembangunan Jalur Kereta Api, Jembatan Holtekam, Ring Road.
- Mendapatkan lulusan yang mampu mengembangkan diri melalui belajar mandiri, kelompok secara terpadu dan berkelanjutan, serta mampu berwirausaha.